C'est l'une des premières questions techniques que se pose un repreneur, et l'une des plus mal comprises : faut-il racheter le fonds de commerce ou les titres de la société ? Les deux formules aboutissent au même résultat apparent, vous prenez la tête de l'entreprise, mais elles n'ont ni les mêmes conséquences juridiques, ni la même fiscalité, ni le même niveau de risque, ni le même mode de financement.
Le choix n'est pas toujours libre : il dépend de la structure de la cible, de ce que le cédant accepte, et de ce que la banque finance. Mais il faut le comprendre avant de négocier, parce qu'il pèse directement sur le prix et sur les garanties à obtenir.
Deux objets différents
Le fonds de commerce est un ensemble d'éléments qui permettent d'exercer une activité : la clientèle, l'enseigne et le nom commercial, le droit au bail, le matériel, les stocks, les contrats de travail (qui suivent automatiquement le fonds), les licences et autorisations transférables. Racheter un fonds, c'est acheter ces actifs, et seulement eux. Vous les logez dans votre propre société, neuve ou existante.
Les titres (parts sociales d'une SARL, actions d'une SAS ou d'une SA) sont les droits de propriété sur la société elle-même. Racheter les titres, c'est devenir propriétaire de la personne morale, avec tout ce qu'elle contient : ses actifs, mais aussi ses dettes, ses contrats, ses litiges, son historique fiscal et social. La société continue exactement comme avant, seul l'actionnaire change.
Cette différence fondamentale explique tout le reste.
Ce que vous reprenez, et ce que vous laissez
| Rachat du fonds de commerce | Rachat des titres | |
|---|---|---|
| Actifs d'exploitation | Repris (ceux listés dans l'acte) | Repris (tous, via la société) |
| Dettes | Restent chez le vendeur | Reprises avec la société |
| Trésorerie et créances clients | Restent chez le vendeur (sauf accord) | Reprises |
| Contrats de travail | Transférés automatiquement | Inchangés |
| Contrats clients et fournisseurs | À renégocier ou à faire transférer un par un | Inchangés (sauf clause de changement de contrôle) |
| Bail commercial | Cédé avec le fonds | Inchangé |
| Litiges et passif fiscal ou social antérieurs | Restent chez le vendeur | Repris (d'où la garantie de passif) |
| Numéro SIREN, historique, agréments | Nouveaux (votre société) | Conservés |
Le rachat du fonds est donc une opération « propre » : vous n'héritez pas du passé. Le rachat des titres est une opération de continuité : rien ne change pour les clients, les fournisseurs et l'administration, mais vous prenez le passé avec.
Fiscalité : qui paie quoi
Les droits d'enregistrement pour l'acquéreur
C'est la différence la plus visible, et souvent la plus décisive.
Sur un fonds de commerce, les droits sont progressifs : 0 % jusqu'à 23 000 €, 3 % de 23 000 à 200 000 €, puis 5 % au-delà. Sur un fonds acheté 500 000 €, cela représente environ 20 300 €.
Sur des actions de SAS ou de SA, le droit est de 0,1 % du prix. Sur la même valeur de 500 000 €, 500 €.
Sur des parts de SARL, le droit est de 3 %, après un abattement de 23 000 € proratisé au pourcentage de parts acquises. Soit environ 14 300 € pour 100 % des parts à 500 000 €.
La forme juridique de la cible compte donc autant que la formule choisie. Il est fréquent qu'une SARL soit transformée en SAS avant la cession, précisément pour cette raison.
L'amortissement et la déductibilité
En rachetant un fonds, votre société acquiert des actifs. Le matériel s'amortit. Le fonds commercial lui-même n'est en principe pas amortissable fiscalement, à l'exception d'un régime temporaire pour les fonds acquis entre 2022 et 2025, qui a pris fin. Les intérêts de l'emprunt contracté par votre société pour acheter le fonds sont déductibles de son résultat, directement.
En rachetant des titres, vous achetez une participation, non amortissable. Pour déduire les intérêts d'emprunt du résultat de la cible, il faut passer par une holding de reprise et l'intégration fiscale. C'est le montage standard du LBO, mais il ajoute une structure et des contraintes.
Côté cédant
Le cédant n'est pas neutre dans ce choix. En vendant ses titres, il est imposé personnellement sur sa plus-value (flat tax de 30 %, ou barème avec abattements, et l'abattement renforcé de 500 000 € en cas de départ à la retraite). En vendant le fonds, c'est sa société qui encaisse le prix et paie l'impôt sur les sociétés sur la plus-value, puis lui-même est imposé une seconde fois s'il veut récupérer l'argent en dividendes ou en liquidant la société. Pour la plupart des cédants, la vente des titres est fiscalement bien plus avantageuse. C'est pourquoi ils la préfèrent, et pourquoi ils acceptent souvent un prix un peu inférieur en échange.
Le risque : ce que l'audit et la GAP doivent couvrir
En rachetant le fonds, votre exposition au passé est limitée. Il existe une solidarité fiscale temporaire entre vendeur et acquéreur pendant quelques mois après la vente, et le prix est séquestré pendant ce délai pour permettre aux créanciers de se manifester, mais vous ne reprenez ni les dettes, ni les litiges, ni les redressements à venir.
En rachetant les titres, vous reprenez tout. Un contrôle fiscal portant sur les trois exercices précédant votre arrivée, un contentieux prud'homal engagé par un salarié licencié avant la cession, une dette fournisseur oubliée : tout cela vous revient. D'où deux protections indispensables :
- Un audit d'acquisition complet, comptable, juridique, social et fiscal.
- Une garantie d'actif et de passif bien négociée, avec un plafond, une durée et une sécurisation du paiement (séquestre ou caution bancaire).
Ces deux protections ont un coût et une limite. La GAP ne couvre jamais 100 % du prix, se déclenche avec une franchise et expire au bout de trois à cinq ans. Le rachat de titres est donc structurellement plus risqué, et ce risque doit être intégré au prix.
Le financement : ce que la banque regarde
Les banques financent les deux formules, mais pas de la même façon.
Le rachat de fonds est perçu comme plus lisible : l'emprunt est porté par la société d'exploitation, les actifs financés sont identifiables, le nantissement du fonds est une garantie classique. C'est le schéma habituel pour les commerces, la restauration, l'artisanat et les petites activités de service.
Le rachat de titres passe par une holding qui emprunte et se rembourse grâce aux dividendes de la cible. La banque analyse alors la capacité de la cible à remonter du cash, le ratio de couverture de la dette, et exige le nantissement des titres. C'est le schéma habituel dès que la cible est une société structurée, avec des contrats, des salariés qualifiés, une trésorerie et un historique.
Dans les deux cas, la logique d'apport, de dette senior et de crédit vendeur reste la même, et le simulateur de financement vous permet de tester votre montage.
Comment choisir : les critères qui tranchent
Le fonds de commerce s'impose quand :
- la cible est une entreprise individuelle, qui n'a pas de titres à vendre ;
- l'activité est un commerce, un restaurant, un atelier, une officine, avec une valeur concentrée dans le bail, l'emplacement et le matériel ;
- la société a un passif inquiétant, des litiges ou un historique fiscal que vous ne voulez pas reprendre ;
- vous ne voulez reprendre qu'une branche d'activité et non l'ensemble de la société ;
- le cédant possède des actifs hors exploitation (immobilier, placements) qu'il souhaite conserver dans sa société.
Les titres s'imposent quand :
- la valeur repose sur des contrats, des agréments, des références ou des marchés publics que le changement de société ferait perdre ;
- la continuité vis-à-vis des clients et des fournisseurs est essentielle ;
- la société est propre, auditée, sans passif problématique ;
- le cédant exige cette formule pour des raisons fiscales, ce qui est fréquent, et compense par une négociation sur le prix ou la GAP ;
- vous prévoyez un montage en holding avec intégration fiscale.
Dans les faits, les reprises de commerces et de fonds artisanaux se font majoritairement en fonds de commerce, et les reprises de PME structurées se font majoritairement en titres. Entre les deux, dans la zone des petites sociétés de services ou d'artisanat en société, la discussion est ouverte et se règle par la négociation.
Une troisième voie : l'apport-cession et la cession partielle
Deux variantes méritent d'être connues. Le cédant peut d'abord filialiser l'activité, c'est-à-dire apporter son fonds à une nouvelle société dont il vend ensuite les titres : vous rachetez alors des titres d'une société neuve, sans historique, ce qui combine la propreté du fonds et la fiscalité des titres. Et la cession progressive, où le cédant conserve une minorité pendant quelques années, se pratique uniquement en titres et peut faciliter la transition et le financement.
Passer à l'action
Ne laissez pas ce choix se faire par défaut, ou parce que « c'est ce que propose le cédant ». Chiffrez les deux formules avec votre expert-comptable et votre avocat avant de signer la lettre d'intention : droits d'enregistrement, structure de financement, exposition au passif et garanties nécessaires. La différence peut représenter plusieurs dizaines de milliers d'euros, et surtout un niveau de risque très différent sur les cinq années qui suivent.
Ces mécanismes, avec le montage en holding, la négociation du protocole et la GAP, sont au cœur de la journée « Aspects juridiques » du bootcamp Néo-Repreneurs. Et si vous voulez d'abord cadrer votre projet, commencez par le guide pour bien démarrer.
